与“雾锁迷城”的决战，正在从陆地走向海洋。在一些业界人士看来，进出港口的船舶和货车虽然带来了货物和经济发展，但也加剧了港口和周边地区的空气污染。此外，船用燃料油含硫量较高，加之此前缺乏系统排放标准，导致船舶港口污染形势愈发严峻。
“打赢蓝天保卫战”正在向水上全方位延伸。随着对外开放力度与“一带一路”辐射效应愈发强劲，兼具运量大、成本低等优点的船舶航运业驶入快车道。按货物吞吐量计算，世界十大港口中有7个在中国，占全球货物吞吐量的四分之一以上。公开数据表明，目前靠泊我国港口船舶辅机发电年消耗燃料油约70万吨。
这也给区域空气质量改善带来巨大压力。由于迄今排放控制区面积小，很多船舶会在控制区外侧行驶，以避免更换清洁燃油，这也使船舶污染减排效果大幅下降。根据《中国机动车环境管理年报2018》，2017年中国船舶排放的氮氧化物和颗粒物，分别占到非道路移动源排放的26%和29%。而在长江流域中下游地区，由于大部分内河船舶使用船用燃料油，且多未进行有效尾气处理，船舶排放的二氧化硫和氮氧化物已成为当地大气污染的主要来源。
与货车用的柴油相比，船舶和港作机械所用的燃料“更脏”。目前，我国船用燃料消耗中有60%左右为船用燃料油，少量用轻柴油(普通柴油)。而船舶所使用的燃料主要是渣油或重油，也属于柴油，其尾气中包含了氮氧化物和颗粒物。前者是导致PM2.5的重要前体物，后者则是PM2.5的直接来源。“这也是我们进一步要控制港口船舶污染的理由所在。”业界普遍认为，“目前陆上污染源的减排潜力不断缩小，而水运行业还有很大的减排潜力，因此必须进一步控制港口船舶污染”。
一些研究报告和业内专家认为，一艘普通规格的集装箱船的排放量相当于几十甚至上百辆卡车，甚至可以被看作一个小型的移动火电厂。如果仅考虑单位运量，船舶的单位运量排放跟机动车基本相同，或是略低于机动车。然而，远洋船舶和沿海沿江大型船舶的燃料油，硫含量可达车用柴油的3500倍。同时，港口码头上还有大量承载运输、装卸等功能的工程机械，也成了港口上空“黑尾”的又一来源。有舆论指出，使用高硫油的船舶如同烧着劣质煤、没有尾气处理装置的“移动火电厂”。
随着船舶的排放量日益增加，相关标准、措施长期以来仍是空白。同时，对于一些不能开出港口的机械，可以将柴油油罐车开进港口加油，但加气设备目前还无法满足这类机械的需求。值此背景，《打赢蓝天保卫战三年行动计划》对港口船舶治理提出了新任务，其中长三角地区等重点区域内河应采取禁限行等措施，限制高排放船舶使用，鼓励淘汰使用20年以上的内河航运船舶。“2019年底前，调整扩大船舶排放控制区范围，覆盖沿海重点港口。”
几天后，旨在将沿海排放控制区扩大到全国沿海12海里和海南水域的《船舶排放控制区调整方案(征求意见稿)》正式对外公布。除了对硫氧化物和颗粒物提出了控制要求，征求意见稿也对氮氧化物和挥发性有机物提出控制措施。但在一些业界人士看来，涉及燃油供应、水上交通管理、港口和船舶配合等相关主体的责任并未明确和理顺。
控制水运排放，油品是与船舶直接相关的要素。业界资深人士彭传圣认为，船舶燃油质量提高的步伐太慢，使得它在污染物总份额中所占的比例不断上升。但如果要降低硫化物的排放以符合标准，船东要么选择低硫油，长期来看成本更高；要么选择加装除硫设备，一次性的投入大。但无论如何，排放严格将提高船用油供应企业的生产成本以及航运业的燃料成本，或引发未来船供油行业的洗牌。
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